Nazwa Muszyna prawdopodobnie pochodzi od potoków, nad którymi było położone miasto. Wilgoć sprawia, że brzegi potoków, jak i rzeczne kamienie porastają mchami. Łacińskie słowo „muscus” dało nazwę m.in. miastu Muszyna. Inne hipotezy wywodzą nazwę tej miejscowości od przydomka biskupa krakowskiego Jana Muskaty.
Pierwszą wzmiankę o Muszynie spotykamy w akcie nadania z 1209 roku, w którym król węgierski Andrzej II zezwala na pobieranie cła nad rzeką Poprad koło Muszyny Proboszczowi Adolfowi ze spiskiej kapituły św. Marcina.
Przez miasteczko Muszynę przechodził niegdyś jeden z ważnych traktów handlowych z Węgier, także rzeką Popradem. Miejscowość ta gościła nieraz znaczniejszych ludzi świeckich i duchownych, przybywających z Krakowa lub Sącza, głównie w sprawach obronności klucza muszyńskiego, a także gospodarczych, administracyjnych, z racji posiadania Muszyny przez biskupów krakowskich. Także i ci biskupi bywali w Muszynie. Jednym ze znakomitych gości był Jan Kochanowski, który docenił gościnność muszyńską, utrwalając ją we fraszce „Do starosty muszyńskiego”:
„O starosta na Muszynie,
Ty się znasz dobrze na winie;
Znasz i masz, bo tylko z góry
Spuściwszy wóz, aliż Uhry,
Okaż swój smak staradawny,
Starosto muszyński sławny,
A niech ja go też skosztuję,
Boć i ja smak w beczce czuję.
A nie żal mi, żem poetą,
Jest coś umieć alfę z betą.
Tym ludziom ty, Stanisławie,
Chcesz li się zachować prawie,
Nie szafirem, nie rubinem,
Ale je ćci dobrym winem;
A stąd to będziesz miał w zysku,
Że coś dziś obłoków blisku,
To cię pijanymi rymy
Aż do nieba wprowadzimy.”
